L'Etoile-Carouge FC est fondée en 1904, date à laquelle le FC Carouge adhère à l'Association Cantonale Genevoise de Football. Si le club a choisi 1904, certains disent que le club est créé en 1889 avec la section sportive d'une société littéraire qui se nommait FBS Stadium. Le nom définitif de l'Etoile-Carouge FC vient en 1922, de la fusion entre le F.C. Carouge et l'Etoile-Sportive du Léman.
Les deux couleurs officielles du club sont le bleu et le blanc. Il faut attendre 1926 et l'union avec le Carouge Stade FC pour que le club ait son stade. Les Carougeois évoluent au stade de la Fontenette qui a une capacité de 7200 places. Il est situé dans un complexe qui contient 2 terrains en herbe, 2 terrains stabilisés et 2 terrains synthétiques. Ce complexe héberge 15 équipes, plus le centre de formation.
Philippe Vercruysse, Mehmed Baždarević, Johan Djourou et Robby Langers sont les joueurs emblématiques de l'Etoile-Carouge FC.
Le club navigue entre la Ligue Nationale A et la Ligue Nationale B, son palmarès est donc constitué de titres de Champion de Nationale B, ce qui est l'équivalent de la ligue 2 en France. Le club a remporté également quatre fois la Coupe de Werra.